引自:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201110173156443/
分子进化研究的意义
现在一般直接用ML,BS树就可以,也可以加上MP树。如果是核基因的话,请看下面的更新说明:其实上面的那些方法,都可以称为Concatenated(串级)方式的分析方法,就是先把marker 如:直系同源基因 alignment后,用相应软件以串联的方式连接起来,然后推断系统发育树,这通常叫concatenated analysis。我们都知道每个同源基因或者maker的进化速率是不一样的,所以最近非常流行Coalescent(有人翻译成 溯祖)analysis,我的理解是 每一个直系同源基因先alignment,建树,然后再用相关软件把每个tree合并,实际的软件也是这样做的。如果做Phylogenomics trees或者Species tree的话,一般都要用这个方法做一下,其中我的一篇文章也用了这个方法分析了(审稿人要求的)。这个方法相应的软件有MPEST,*BEAST(这个软件已集成在BEAST 1.75版本),BEST,BUKY,STAR,BPP Coalescent analysis on a species tree (BP&P and 3s),ASTRAL.如果考虑属内种间系统情况的话,可能要考虑杂交了,可以看一下HybTree(COAL).
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software.html
网址:http://bioinformatics.publichealth.uga.edu/SpeciesTreeAnalysis/index.php
[1] Liu, L., L. Yu, D.K. Pearl, and S.V. Edwards. Syst. Biol. 2009, 58(5):468-477.
[2] Liu, L., L. Yu, S.V. Edwards. BMC Evol. Biol. 2010, 10:302.
[3] Liu, L., and L. Yu. Syst. Biol. 2011, 60: 661-667.
http://home.gwu.edu/~rpyron/publications/Ruane_et_al_2014.pdf
系统进化树构建常用软件汇集
软件名称
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网址
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说 明
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PHYLIP | http://evolution.genetics.washinton.edu/phylip/software.html | 目前发布最广,用户最多的通用系统树构建软件,由美国华盛顿大学Felsenstein开发,可免费下载,适用绝大多数操作系统 |
PAUP | scavotto@sinauer.com
ftp://on |
国际上最通用的系统树构建软件之一,美国simthsonion institute开发,仅适用Apple-Macintosh和UNIX操作系统 |
MEGA | http://bioinfo.weizmann.ac.il/databases/info/mega.sof | 美国宾西法尼亚州立大学MasatoshiNei开发的分子进化遗传学软件,图形化、集成的进化分析工具,不包括ML |
MOLPHY | ftp://sunmh.ism.ac.jp/pub/molphy | 日本国立统计数理研究所开发,最大似然法构树 |
PAML | http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html. | 英国University college London 开发,最大似然法构树和分子进化模型 |
PUZZLE | ftp://fx.zi.biologie.uni-muenchen.de/pub/puzzle | 应用quarter puzzling方法(一种最大简约法)构建系统树 |
TreeView | http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html | 英国University of Glasgow开发,进化树显示工具 |
phylogeny | http://www.ebi.ac.uk/biocat/phylogeny.html | 欧洲生物信息研究所(EBI)的系统发育分析软件 |
PHYML | http://atgc.lirmm.fr/phyml/ | 快速的ML建树工具 |
MrBayes% r, | http://mrbayes.csit.fsu.edu/ | 基于贝叶斯方法的建树工具 |
MAC5 | http://www.agapow.net/software/mac5/ | 基于贝叶斯方法的建树工具 |
Tree of Life |
http://phylogeny.arizona.edu/tree/program/program.html : |
美国University of Arizona建立的系统发育方面网站 |
PhyloBayes贝叶斯法构建进化树
http://www.atgc-montpellier.fr/phylobayes/
RAxML 最大似然法构树和分子进化模型
http://sco.h-its.org/exelixis/software.html
http://www.molecularevolution.org/