教学调查

基因组学/生物信息学教学调查

姓名:                                 专业:                                  研究方向:

 1.  学习基础:

1)  你以前有没有学过基因组学/生物信息学?

2)     你用过什么基因组学/生物信息学软件/数据库/网站?

3)  你能够完成以下生物信息学基本技能中的哪些内容(请勾选)?

  • 1.  从PDB数据库中找一个3D结构已知的蛋白,查询取得其蛋白质序列、mRNA序列(仅包含ORF/CDS)和基因组序列(10分);
  • 2. 用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找15种以上与其高度同源的蛋白质序列,将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件(10分);
  • 3.  找到每个蛋白相应的mRNA序列,截取从起始密码子到终止密码子的开放阅读框(ORF/CDS),将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件(10分);
  • 4. 对比基因组序列和mRNA序列,找出并图示其外显子和内含子(10分);
  • 5.  用ClustalW、MUSCLE、MAFFT、T-coffee、PRANK等多序列比对软件,分别对以上同源基因/蛋白序列做多序列比对(10分);
  • 6. 用MEGA、PAML、PHYML或其他分子进化分析软件分别用NJ法、UPGMA法和ML法对以上同源基因做系统发生分析,画出基因分子进化树,比较各种比对方法和算法所画出的进化树异同,并分析进化树的生物学意义。分子进化树是否和物种进化树一致?说明其原因(10分);
  • 7. 找出保守区间,在保守区间设计PCR简并引物(10分);
  • 8. 在蛋白质分析网站(ExPASy、PDB、Swiss model等)分析该基因的同源基因所编码的蛋白质的理化性质,并进行一、二、三级结构预测(10分);
  • 9.  在DDD和GEO分析该基因的具体功能和表达情况(提供证据如检索到的文献目录和摘要)(10分)。
  • 10. 查找能够调控该基因表达的microRNA,预测其目标及功能(10分)。

2. 学习意向:

1)   你希望本课程采用什么形式(教师讲课/学生讲演/讨论/学术报告)?

2)   你希望学习那些内容?你最感兴趣的是什么?

3)   你认为理论知识重要,还是操作技巧更重要?

4)你希望多讲理论知识/算法原理,还是多讲软件操作/实例分析?

 

 

 

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